První vojenský kaplan v Armádě České republiky začal působit v české jednotce IFOR/SFOR v Bosně a Hercegovině v roce 1996.

Na základě této pozitivní zkušenosti armády s vojenskými kaplany vznikla v roce 1998 dohoda mezi rezortem ministerstva obrany na straně jedné a církvemi sdruženými v České biskupské konferenci a Ekumenické radě církví na straně druhé, o duchovní službě v rezortu ministerstva obrany.

Duchovní služba má za úkol zejména:

• podporovat velitele všech stupňů v jejich odpovědnosti za naplňování a ochranu lidského rozměru života každého vojáka v činné službě a občanského zaměstnance (dále jen pracovníků rezortu  Ministerstva obrany);
• nabízet pomoc při řešení osobních krizí i těžkostí, které vznikají v pracovním, osobním a rodinném životě pracovníků rezortu  Ministerstva obrany;
• přispívat k rozvíjení a prohlubování demokratických tradic evropské kultury v rezortu  Ministerstva obrany;
• vytvářet podmínky pro naplňování ústavně zaručených lidských práv, která souvisejí se svobodou vyznání pro pracovníky rezortu  Ministerstva obrany ve všech situacích spojených s plněním jejich služebních  a pracovních povinností.