Krátce po okupaci nacistickými vojsky se vedení BJB muselo rozhodnout o ožehavé otázce [nabídka začlenění do organizační struktury německých baptistů] jako Rada Jednoty Českobratrské. V historii sborů BJB o tom čteme: "Němečtí baptisté zaujali velmi taktní a porozumivý postoj: nabídli naší Jednotě finanční pomoc, když však byla s díky odmítnuta, respektovali pohnutky, které k tomu vedly a zdrželi se i návštěv svých pracovníků v Praze".

BJB ztratila po Mnichovu a po záboru Sudet a Těšínska část své práce (např. sbor ve Vikýřovicích na severní Moravě a několik stanic). V brněnském sboru působil krátce před 2. světovou válkou nový člen církve, nedávno pokřtěný žid, bratr Neftalín Rudnický, výborný znalec Starého zákona. Vlivem jeho působení bylo pokřtěno dalších 7 židů. Žel všichni i přes snahu církve, byli nakonec zařazeni do transportů do koncentračních táborů.


Do domácího protinacistického odboje byl aktivně zapojen i předseda církevního ústředí BJB Cyril Burget (1896-1954) - kazatel. Za komunistického režimu byl odsouzen k 7 letům vězení a zemřel ve věznici v Kartouzách.

Ze vzpomínkového článku (Kolátor 1945) se dovídáme o třech obětech protinacistického odboje:

František Dědič (1890-1941), podplukovník generálního štábu, osobní tajemník a náčelník vojenské kanceláře generála Eliáše. Byl v čele skupiny, která vysílala zprávy do Londýna. Byl popraven 1. října 1941.

Václav Procházka, člen náčelnictva Sokola (ČOS). Pro tuto předválečnou funkci i pro ilegální činnost za okupace byl zatčen se skupinou 450 Sokolů (vrátilo se jich pouhých 36), Vězněn na Pankráci, v Terezíně a Osvětimi, ke 20. února 1942 zahynul.

Theofil Malý (1906-1943), potomek českých exulantů na ruské Volyni, vrátil se po 1. světové válce na severní Moravu. Absolvoval kazatelský seminář BJB a působil ve Vikýřovicích u Zábřehu. Po záboru pohraničních území se ujal náboženské a národní výchovy českých dětí v Sudetech. V bytě Malých vznikla "domácí škola", v níž probíral mj. češtinu, české dějiny, českou vlastivědu (děti musely povinně chodit do německé školy). Podobně působil ve sboru na dospělé. Díky zradě a slídění gestapa byl 9. července 1942 zatčen a vyslýchán. Výsledkem bylo okamžité vystěhování ze Sudetengau do Protektorátu, do Bělé pod Bezdězem. Výslechy však pokračovaly dále až byl 8. ledna 1943 zatčen a vězněn v Mladé Boleslavi, v Terezíně a v Osvětimi, kde 5. dubna 1943 zahynul.

Citováno z článku Jana Štěpána "Menší evangelické církve v období nacistické okupace 1939-1948", zveřejněném ve sborníku "Rok 1942 v českém odboji".