Co znamená, že náboženské společnosti podle § 16 Listiny spravují své záležitosti nezávisle na státních orgánech, to ilustrují soudní rozhodnutí v jednotlivých kauzách. Obecně lze konstatovat, že jde obvykle o případy, kdy některou církev či jinou náboženskou společnost žaluje její bývalý pracovník pro předpokládané protiprávní ukončení pracovního poměru s odvoláním na zákoník práce ve verzi účinné v dané době.

Současný Zákoník práce (zákon č. 262/2006) ve svém § 1 definuje smysl této právní normy v pěti bodech a-e, z nichž jeden garantuje zájem zaměstnavatele, totiž řádný výkon práce zaměstnancem, ostatní čtyři hájí zájmy zaměstnanců jako slabší strany v pracovněprávních vztazích. Ty pak shrnuje v samostatném odstavci takto:

Zásady zvláštní zákonné ochrany postavení zaměstnance, uspokojivých a bezpečných pracovních podmínek pro výkon práce, spravedlivého odměňování zaměstnance, rovného zacházení se zaměstnanci a zákazu jejich diskriminace vyjadřují hodnoty, které chrání veřejný pořádek.

Soudní pře bývalých zaměstnanců náboženských společností v pozici, jíž zákony označují jako roli „duchovního“ vycházejí ze zájmu obhájit a prosadit právě tyto hodnoty veřejného pořádku. Tito lidé mohou v jednotlivých případech ve sporu s náboženskou společností být se svým stanoviskem v právu nebo v neprávu, avšak soudy se ve smyslu ustanovení Listiny a Zákona o církvích u této kategorie pracovníků oprávněností jejich stanoviska nezabývají. Vyslovují v různých etapách soudního řízení, v původních rozsudcích a v reakcích soudů vyšších stupňů na odvolání, dovolání a kasační stížnosti vždy v tom smyslu, že nejsou kompetentní o tom rozhodovat. Hlavní argument směřuje k odlišení právní formy činnosti duchovního od pracovního poměru. Tato forma se uvádí jako služební poměr s tím, že pro něj platí vnitřní předpisy organizace, která s fyzickou osobou do tohoto vztahu vstupuje. Vnitřní předpisy však nepodléhají posouzení z hlediska Listiny a nižších právních norem vždy s odvoláním na deklarovanou nezávislost náboženských společností v těchto ohledech na státních orgánech.

V Náboženské společnosti českých unitářů (dále NSČÚ) došlo ve druhé polovině devadesátých let ke koncepčnímu sporu, v jehož jedné etapě došlo i k soudnímu rozhodování mezi stranami sporu. Osobě v dostupných rozhodnutích soudů označované jako V. N. orgán této náboženské společnosti ukončil r. 1999 působení ve funkci duchovního a s odůvodněním, že pro něj nemá další uplatnění mu zároveň dává výpověď s uvedením dvou výpovědních důvodů podle tehdejšího zákoníku práce. Výpovědní důvod podle § 46 odst. 1 e) ilustruje podání NSČÚ tak, že interpretuje koncepční spor tím, že jmenovaný hrubě a útočně veřejně napadal členy NSČU, kteří nepodporovali nelegitimní vedení pana S., a snižoval jejich čest a vážnost.

NSČU se dovolává ustanovení zákoníku práce o absenci předpokladů k vykonávání práce u V. N. a Nejvyšší soud ČR v rozsudku ze dne 6. března 2007, spisová značka 21 Cdo 628/2006[27] soudům ponechává možnost prozkoumat formální okolnosti, totiž existuje-li rozhodnutí, kterým se osoba vykonávající duchovenskou činnost odvolává z funkce, a vydal-li toto rozhodnutí orgán náboženské společnosti, který je k tomu oprávněn podle vnitřních předpisů příslušné církve či náboženské společnosti.

Soud se však neujímá tématu oprávněných zájmů, resp. dodržení lidských práv (v tomto případě práv sociálních a práva na svobodné, i kritické vyjádření) garantovaných ústavním pořádkem České republiky. Před individuálními právy dává přednost nezávislosti náboženského právního subjektu, který má charakter kolektivní entity. Rozsudek opakovaně připomíná zde sledované liberální pojetí náboženských společností, např. těmito slovy:

Podle ustanovení čl. 16 odst. 2 Listiny základních práv a svobod, která byla vyhlášena jako součást ústavního pořádku České republiky pod č. 2/1993 Sb., církve a náboženské společnosti spravují své záležitosti, zejména ustavují své orgány, ustanovují své duchovní a zřizují řeholní a jiné církevní instituce nezávisle na státních orgánech.

Prakticky totožné řešení nalezneme v dokumentech o soudní při v dostupné dokumentaci nejmenovaného žalobce, římskokatolického kněze s jeho představeným (a případně oprávněným zástupcem zaměstnavatele) olomouckým arcibiskupem Janem Graubnerem. Soud již v úvodním shrnutí svého usnesení deklaruje, že

autonomie církví a náboženských společností vyplývající z článku 16 odst. 2 Listiny základních práv a svobod brání soudu v tom, aby posuzoval obsahovou správnost rozhodnutí nebo jiných opatření církví a náboženských společností.

Svým usnesením ze dne 11. září 2008, sp. zn. 21 Cdo 702/2007 Nejvyšší soud potvrdil zamítnutí žaloby kněze na arcibiskupa ohledně odvolání z funkce administrátora farnosti in spiritualibus spojené s výpovědí, jak je v usnesení uvedeno, z pracovního poměru. Kněz se dožadoval rozhodnutí soudu, že výpověď je neplatná a že mu náleží náhrada mzdy. Nejvyšší soud v reakci na předchozí stupně řešení sporu nejprve parafrázuje Listinu a Zákon o církvích ohledně nezávislosti na státních orgánech a podrobněji to vykládá:

Z uvedeného vyplývá, že neodlučitelnou součástí ústavně zaručeného práva církví a náboženských společností spravovat nezávisle na státních orgánech své záležitosti je kromě jiného právo stanovit si vlastní podmínky pro ustanovování do funkce osob vykonávajících duchovenskou činnost (a jejich odvolávání z funkce) a určit vlastní pravidla pro posouzení způsobilosti těchto osob k výkonu duchovenské činnosti. Protože – jak uvedeno výše – církve a náboženské společnosti spravují své záležitosti, zejména ustanovují a ruší své orgány, ustanovují a odvolávají své duchovní a zřizují a ruší církevní a jiné instituce podle svých předpisů, a to nezávisle na státních orgánech, může soud v občanském soudním řízení o neplatnost rozvázání pracovního poměru výpovědí (je-li činnost duchovního vykonávána v pracovním poměru) pouze zkoumat, zda je zde rozhodnutí, kterým se osoba vykonávající duchovenskou činnost odvolává z funkce, a zda toto rozhodnutí přijal orgán (útvar), který je k tomu oprávněn podle vnitřních předpisů příslušné církve či náboženské společnosti, nikoliv též jeho „věcnou správnost“.

Třetí případ ilustrující liberální pojetí vztahu státu k náboženským společnostem se týká kontroly využití finančních prostředků poskytnutých církvi z veřejných prostředků. Konkrétně jde o soudní při Církve československé husitské s ministerstvem kultury. Spor pravděpodobně souvisí s podezřením, že některé církve využívají toho, že stát jim poskytuje ve svém finančním příspěvku prostředky na pokrytí mzdových nákladů na tolik osob, kolik jako duchovní uvede. Podle populárních mediálních zdrojů některé církve vykazovaly 1 duchovního na 15-20 členů. Spor se vedl o to, může-li ministerstvo kultury poctivé využití těchto poskytnutých prostředků kontrolovat.

Podle rozsudku Nejvyššího správního soudu z 26.3.2015, sp. zn. 4 As 27/2015-47[29] není správná argumentace ministerstva kultury, že prostředky poskytované církvi je nutno posuzovat jako beneficium státu a bylo na její volbě, zda je přijme či nikoliv. Pokud prostředky z veřejných zdrojů přijala, byla podle ministerstva povinna strpět i finanční kontrolu přezkoumávající jejich řádné čerpání. Stát byl podle stanoviska ministerstva oprávněn kontrolovat podmínky čerpání veřejných prostředků, které byly účelově vázány na odměny duchovních.

K případnému možnému proplácení platů ze státního příspěvku nepatřičným osobám, které pravděpodobně bylo důvodem kontroly ze strany ministerstva, Nejvyšší správní soud rozhodl s odvoláním na Ústavní soud, že soudům nepřísluší konstatovat, zda služební poměr trvá či nikoliv. Ministerstvo podle rozsudku pochybilo, když některé osoby nepovažovalo za duchovní. Mělo mu stačit, že to církev potvrdila. Ministerstvu nepřísluší zjišťovat, jakou konkrétní činnost v rámci církve vykonávají. Tím, že se zabývalo existencí či neexistencí těchto služebních poměrů, zasáhlo do práva na církevní autonomii.

Právo občana mít prostřednictvím státních orgánů dohled nad prostředky, které státu zejména prostřednictvím daní poskytuje, je v tomto případě podřízeno nezávislosti náboženských společností na státních orgánech. Nezávislost je tu extenzivně pojata jako autonomie i v hospodaření s prostředky poskytnutými z veřejných zdrojů.

Citováno z článku Ivana Štampacha Liberální české konfesní právo a svoboda vyznání